Perjanjian New York 15 Agustus 1952 memutuskan bahwa Irian Barat akan berada dalam pengawasan PBB namun setelah 8 bulan  pemerintah Indonesia akan mengambil-alih pemerintahan di Irian Barat .Para elit Papua mulai ragu-ragu, bimbang dan bingung dengan keputusan. Berbagai perasaan yang diekspresikan pada masa itu adalah tidak pro-Belanda, tidak pro- Indonesia, tapi pro-Papua. Mereka merasa dikhianati oleh Belanda dan merasa kuatir terhadap nasionalis-Indonesia. Namun mereka memutuskan untuk menerima perjanjian 15 Agustus 1962 dengan keraguan.

Pada 14 Juli hingga 2 Agustus 1969 Proses pelaksanaan Penentuan Pendapat Rakyat (PEPERA) dilangsungkan. Seperti diketahui, pada akhirnya hasil penentuan pendapat rakyat ini yang memperoleh suara terbanyak ialah kelompok pro integrasi. Dengan demikian dianggap bahwa masyarakat Papua menyatakan keinginannya untuk berada dalam wadah Negara Republik Indonesia. Hasil PEPERA ini pun dikukuhkan oleh Majelis Umum PBB dalam sidangnya pada tanggal 19 November 1969 yang dituangkan dalam resolusi Nomor 2504, yang isinya antara lain mengesahkan pelaksanaan penentuan nasib sendiri di Irian Jaya sesuai dengan Persetujuan New York tahun 1962. Pengesahan inilah yang dijadikan sebagai dasar oleh Pemerintah RI untuk menyatakan bahwa seluruh proses PEPERA sudah sesuai ketentuan internasional dan hasilnya telah pula diterima oleh komunitas internasional.

Berbeda halnya dengan kolompok yang pro-integrasi, kelompok yang berkeinginan agar Papua membentuk negara sendiri dan berpisah dari Republik Indonesia, tidak dapat menerima proses dan hasil PEPERA. Argumentasi yang disampaikan oleh kelompok pro-pemisahan ini dilandasi oleh adanya berbagai intimidasi yang dilakukan oleh otoritas dan aparat bersenjata Republik Indonesia selama masa sosialisasi PEPERA di berbagai daerah di Papua. Selain itu, sebagian dari kelompok ini juga memandang bahwa PEPERA yang hanya ditentukan oleh perwakilan kelompok masyarakat (bukan dengan mekanisme ‘one man one vote’) tidak sah untuk dokualifikasikan sebagai proses yang adil dalam penentuan nasib sendiri. Pasca PEPERA menyebabkan menguatnya gerakan sipil untuk memisahkan diri dari Indonesia. Terlepas dari adanya perbedaan tajam argumentasi antara kelompok pro- integrasi dengan kelompok pro-pemisahan diantara masyarakat Papua, pada faktanya sejak peralihan kekuasaan pemerintahan kepada Pemerintah RI pada 1 Januari 1963 telah terjadinya begitu banyak peristiwa kekerasan.

Artikel ini menjelaskan sejarah asal mula konflik Papua yang sampai saat ini masih terjadi.