Prinsip yang terkandung dalam Konvensi ASEAN mengenai Pemberantasan Terorisme antara lain memuat menghormati kedaulatan, kesetaraan, integritas wilayah dan identitas nasional, tidak campur tangan urusan dalam negeri, menghormati yurisdiksi kewilayahan, adanya bantuan hukum timbal balik, ekstradisi, serta mengedepankan penyelesaian perselisihan secara damai. Selain itu, di dalam konvensi ASEAN ini secara khusus terdapat prinsip yang merupakan nilai tambah yang tidak dimiliki oleh Konvensi serupa yang memuat ketentuan mengenai program rehabilitasi bagi tersangka terorisme, perlakuan yang adil dan manusiawi, serta penghormatan terhadap hak asasi manusia dalam proses penanganannya.